多日连续暴雨对全长26公里的运河改线工程产生严重影响。已经蓄满洪水的成型或即将成型的航道超过20公里，西段航道水位离驳岸压顶仅10多公分，口门段的老运河堤坝已被洪水冲破，全线施工工地和部分项目部受淹，驳岸砌筑、土方挖运处于停工状态，龙城大桥主桥钢箱梁焊接因空气湿度太大也无法施工。
    暴雨开始后，工程指挥部办公室立即启动汛期防洪预案，向所有参建单位发出抗洪抢险传真电报，组织施工、监理单位积极开展抗洪排涝、恢复生产等各项应急自救工作。指挥部办公室领导冒雨深入一线指挥，现场组织抢险机械50多台（套），储备木桩1200根、草袋（编织袋）20000多只、彩条布10000多延米等抢险物资，抗洪抢险突击队24小时待命。强化汛期值班制度，组织人员对全线进行全天候不间断巡查，加固圩堤11处，抢救危险地段5处，连夜抢筑（加固）西口门防洪堤坝两道。工程指挥部要求各施工单位以大局为重，主动打开缺口，主动接纳鹤溪河、大通河、采菱河等洪水到新运河航道，为支援地方抗洪工作做出了贡献。
    目前，工程指挥部正密切关注天气与水位变化，严阵以待，狠抓防汛措施落实，全面开展生产自救和复工工作，力争把洪涝灾害对工程的影响降到最小。